পরশুদিনই প্রয়াত হয়েছিলেন। ছেলে কুনাল সেন শিকাগো থেকে ফেরার পর মঙ্গলবার শেষকৃত্য সম্পন্ন হল মৃণাল সেনের। তাঁর শেষকৃত্যে উপস্থিত ছিলেন চলচ্চিত্রের বহু বিশিষ্ট ব্যক্তিত্ব৷ পিস ওয়ার্ল্ডে রাখা ছিল তাঁর দেহ। সেখান থেকে নিয়ে যাওয়া হয় কেওড়াতলা মহাশ্মশানে। বিশ্ববরেণ্য পরিচালক আগে থেকেই বলে রেখেছিলেন, তাঁর শেষযাত্রায় যেন কোনও 'বাহুল্য' না থাকে। সেই কথা মাথায় রেখেই ছিমছামই রাখা হয়েছিল সম্পূর্ণ মুহূর্তটা। তাঁর পুত্র কুনাল তাঁকে 'বন্ধু' বলে ডাকতেন। তিনি বলেন, "বন্ধু প্রায়ই বলত, তাঁর মৃত্যুর পর তাঁকে নিয়ে যেন বিশেষ ঢক্কানিনাদ না হয়। এছাড়া, ফুলের তোড়ায় যেন চাপা পড়ে না যায় শরীর, সেটাও দেখতে বলেছিল আমাকে। নন্দন বা রবীন্দ্রসদনের মতো সরকারি স্থানে মরদেহ শায়িত রাখার ব্যাপারেও আপত্তি ছিল বন্ধুর৷ বন্ধু এই ব্যাপারগুলো ঘৃণা করত"।
শেষকৃত্যের সময় উপস্থিত ছিলেন অঞ্জন দত্ত, রঞ্জিত মল্লিক, শ্রীলা মজুমদার, নন্দিতা দাশ, প্রসেনজিৎ চট্টোপাধ্যায়, মাধবী মুখোপাধ্যায়, অপর্ণা সেন প্রমুখ। উপস্থিত ছিলেন বিমান বসু, সুজন চক্রবর্তীদের মতো রাজনৈতিক নেতারাও।
গত রবিবার নিজের বাসভবনেই দীর্ঘ রোগভোগের পর ৯৫ বছর বয়সে শেষ নিঃশ্বাস ত্যাগ করেন মৃণাল সেন।