চক্রপানি মহারাজের সমালোচনায় সরব হলেন ইমাম বরকতি। কেরালায় বন্যার ত্রাণ নিয়ে বিতর্কিত মন্তব্য করেছেন মহারাজ। বন্যার দায় চাপিয়েছেন গো নিধনকারীদের উপর। তার সঙ্গে জানিয়ে দিয়েছেন বন্যা কবলিতদের মধ্যে যারা গরু খায় না শুধু তাদেরই সাহায্য করা উচিত।
এই মন্তব্যের প্রতিবাদ করলেন বরকতি। তিনি বলেন, "বন্যায় মৃত্যু হয়েছে বহু মানুষের। বন্যা ধর্ম দেখে না। মন্দির, মসজিদ থেকে শুরু করে গির্জা - সবই জলের তলায় চলে গিয়েছে। এমতাবস্থায় এমন মন্তব্য করা উচিত নয়। প্রাকৃতিক বিপর্যয়ের সময় এ ধরনের কথা না বলে মানুষের সাহায্যে এগিয়ে আসা উচিত। আমি চক্রপানি মহারাজকে এ ধরনের কথা বলা থেকে বিরত থাকতে অনুরোধ করছি।"